법무법인 린은 특허권을 매개로 하여 지급받은 전용실시료를 개인에게 사업소득으로 보아 종합소득세를 부과하는 것이 타당한지 여부에 대한 감사원 심사청구에서 취소 결정을 이끌어냈습니다.

​특허권을 1/2씩 소유하고 있는 A법인과 A법인의 최대주주a는 B법인과 특허권을 매개로 하는 사업협력계약을 체결하였습니다. A법인은 최대주주 a의 승인을 얻어, B법인에게 특허권 전용실시권을 부여하고, B법인은 A법인에게 특허권 통상실시권을 부여하였습니다.

​B법인은 부여 받은 전용실시권의 대가를 A법인에 지급하였고, A법인 역시 통상실시권의 대가를 B법인에 지급하였습니다. 그러나 감사원의 지적으로 관할세무서는 최대주주 a가 특허권의 1/2를 소유하고 있으므로, B법인이 A법인에게 지급한 전용실시권 대가 1/2를 수취한다고 보아, 최대주주a에게 전용실시권 대가의 1/2를 사업소득으로 하여 종합소득세를 과세하였습니다.

이에 법무법인 린은 특허권은 A법인과 B법인의 사업협력계약을 체결하기 위한 매개체에 불과하며, 사실상 최초 계약 시부터 A법인이 B법인으로부터 받을 전용실시료보다 A법인이 B법인에게 더 많은 통상실시료를 지급하도록 약정되어 있으므로, 최대주주 a가 전용실시료의 1/2를 수취하였다면, 해당 금액보다 큰 금액을 통상실시료로써 지급하여야 하는 바, 지급할 통상실시료는 고려하지 않은 채, 수취할 전용실시료만을 개인에게 사업소득으로 보아 종합소득세를 부과하는 것은 타당하지 않다고 주장하였습니다. 감사원은 이러한 주장을 받아들여, 관할 세무서에 직권으로 취소를 권고하였고, 관할세무서는 청구인에게 직권으로 취소를 통보하였습니다.